Il sistema di controllo Intrastat è stato ideato in quanto le aliquote IVA applicate nei vari Stati membri sono differenti e non è possibile applicare alle merci in libera circolazione scambiate tra Stati membri dell’Unione Europea lo stesso meccanismo dell’IVA.
Ad esempio per merce acquistata in Francia e destinata in Italia, si avrebbe l’anomalia che l’IVA applicata dal venditore francese non è uguale a quella che l’acquirente italiano pagherebbe se la merce fosse acquistata in Italia.
Gli scambi di merci in libera circolazione tra Stati membri sono definiti acquisti intracomunitari quando entrano nel territorio di uno qualsiasi degli Stati membri UE o vendite intracomunitarie se escono dal territorio di uno qualsiasi degli Stati membri con destinazione un altro Stato membro. Con questo sistema il venditore francese emette una fattura di vendita senza applicazione dell’IVA (come se effettuasse un’esportazione fuori dall’Unione Europea). Sia il venditore che il destinatario registreranno l’operazione negli elenchi Intrastat che devono essere depositati in dogana (con cadenza mensile, trimestrale o annuale a seconda del volume d’affari).
Questi elenchi sono incrociati da una centrale di controllo europeo per verificare che il venditore non effettui una falsa vendita fuori dalla propria nazione e che il destinatario non immetta in consumo nel suo Stato merce senza riscossione dell’IVA. L’Intrastat consente a ciascuna nazione di applicare le sue specifiche normative sull’IVA e le proprie aliquote.