Das Intrastat-Kontrollsystem wurde entwickelt, weil die in den verschiedenen Mitgliedstaaten angewandten Mehrwertsteuersätze unterschiedlich sind und es nicht möglich ist, denselben Mehrwertsteuermechanismus auf Waren anzuwenden, die sich im freien Verkehr befinden und zwischen Mitgliedstaaten der Europäischen Union gehandelt werden.
So bestünde beispielsweise bei in Frankreich gekauften und für Italien bestimmten Waren die Anomalie, dass die vom Verkäufer erhobene französische Mehrwertsteuer nicht der Mehrwertsteuer entspricht, die der italienische Käufer zahlen würde, wenn die Waren in Italien gekauft würden.
Der Handel mit Waren im freien Verkehr zwischen Mitgliedstaaten ist definiert als innergemeinschaftlicher Erwerb, wenn sie in das Hoheitsgebiet eines EU-Mitgliedstaats verbracht werden, oder innergemeinschaftliche Verkäufe, wenn sie das Hoheitsgebiet eines Mitgliedstaats in einen anderen Mitgliedstaat verlassen. Mit diesem System stellt der Verkäufer Französisch stellt eine Verkaufsrechnung ohne Mehrwertsteuer aus (als ob er außerhalb der Europäischen Union exportieren würde). Sowohl der Verkäufer als auch der Empfänger registrieren die Transaktion in den Intrastat-Listen, die beim Zoll hinterlegt werden müssen (monatlich, vierteljährlich oder jährlich, je nach Umsatz).
Diese Listen werden von einer europäischen Kontrollstelle mit Querverweisen abgeglichen, um zu überprüfen, ob der Verkäufer außerhalb seines eigenen Landes keinen falschen Verkauf tätigt und dass der Empfänger keine Waren in seinem Land zum steuerrechtlich freien Verkehr freigibt, ohne dass die Mehrwertsteuer erhoben wird. Intrastat ermöglicht es jedem Land, seine eigenen spezifischen Mehrwertsteuervorschriften und -sätze anzuwenden.