El sistema de control Intrastat se ideó porque los tipos de IVA aplicados en los distintos Estados miembros son diferentes y no es posible aplicar el mismo mecanismo de IVA a las mercancías en libre circulación que se intercambian entre los Estados miembros de la UE.
Por ejemplo, en el caso de bienes comprados en Francia y destinados a Italia, se daría la anomalía de que el IVA aplicado por el vendedor francés no es el mismo que el que pagaría el comprador italiano si los bienes se compraran en Italia.
Los intercambios de bienes en libre circulación entre Estados miembros se definen como adquisiciones intracomunitarias cuando entran en el territorio de cualquiera de los Estados miembros de la UE o ventas intracomunitarias cuando salen del territorio de cualquiera de los Estados miembros con destino a otro Estado miembro. Con este sistema, el vendedor francés emite una factura de venta sin aplicar el IVA (como si realizara una exportación fuera de la Unión Europea). Tanto el vendedor como el destinatario registrarán la transacción en las listas de Intrastat que deben presentarse en la aduana (mensual, trimestral o anualmente en función del volumen de negocios).
Estas listas son cotejadas por un centro de control europeo para comprobar que el vendedor no realiza una venta falsa fuera de su país y que el destinatario no despacha mercancías para el consumo en su propio país sin recaudar el IVA. Intrastat permite a cada país aplicar sus normativas y tipos de IVA específicos.