Het Intrastat-controlesysteem is opgezet omdat de in de verschillende lidstaten toegepaste BTW-tarieven verschillen en het niet mogelijk is hetzelfde BTW-mechanisme toe te passen op goederen in het vrije verkeer die tussen EU-lidstaten worden uitgewisseld.
Voor in Frankrijk gekochte goederen die bestemd zijn voor Italië zou bijvoorbeeld de anomalie bestaan dat de door de Franse verkoper in rekening gebrachte BTW niet dezelfde is als die welke de Italiaanse koper zou betalen indien de goederen in Italië waren gekocht.
De uitwisseling van goederen in het vrije verkeer tussen de lidstaten wordt gedefinieerd als intracommunautaire verwerving wanneer deze het grondgebied van een van de lidstaten van de EU binnenkomt of als intracommunautaire verkoop wanneer deze het grondgebied van een van de lidstaten verlaat voor een andere lidstaat. In dit systeem reikt de Franse verkoper een verkoopfactuur uit zonder BTW toe te passen (zoals bij uitvoer buiten de Europese Unie). Zowel de verkoper als de ontvanger registreren de transactie in de Intrastat-lijsten die bij de douane moeten worden ingediend (maandelijks, driemaandelijks of jaarlijks, afhankelijk van de omzet).
Deze lijsten worden door een Europees controlecentrum met elkaar vergeleken om na te gaan of de verkoper geen valse verkoop buiten zijn eigen land verricht en of de ontvanger geen goederen vrijgeeft voor verbruik in zijn eigen land zonder BTW te heffen. Met Intrastat kan elk land zijn specifieke BTW-voorschriften en -tarieven toepassen.