System kontroli Intrastat został opracowany, ponieważ stawki VAT stosowane w poszczególnych państwach członkowskich są różne i nie jest możliwe zastosowanie tego samego mechanizmu VAT do towarów w swobodnym obrocie wymienianych między państwami członkowskimi UE.
Na przykład w przypadku towarów zakupionych we Francji i przeznaczonych do Włoch, wystąpiłaby anomalia polegająca na tym, że podatek VAT naliczony przez francuskiego sprzedawcę nie jest taki sam jak ten, który włoski nabywca zapłaciłby, gdyby towary zostały zakupione we Włoszech.
Wymiana towarów w swobodnym obrocie między państwami członkowskimi jest definiowana jako wewnątrzwspólnotowe nabycie w momencie wejścia na terytorium któregokolwiek z państw członkowskich UE lub wewnątrzwspólnotowa sprzedaż w momencie opuszczenia terytorium któregokolwiek z państw członkowskich na rzecz innego państwa członkowskiego. W tym systemie francuski sprzedawca wystawia fakturę sprzedaży bez zastosowania podatku VAT (tak jakby dokonywał eksportu poza Unię Europejską). Zarówno sprzedawca, jak i odbiorca zarejestrują transakcję na listach Intrastat, które należy złożyć w urzędzie celnym (miesięcznie, kwartalnie lub rocznie w zależności od obrotu).
Listy te są porównywane przez europejskie centrum kontroli w celu sprawdzenia, czy sprzedawca nie dokonuje fałszywej sprzedaży poza granicami swojego kraju oraz czy odbiorca nie wydaje towarów do konsumpcji we własnym kraju bez pobierania podatku VAT. Intrastat pozwala każdemu krajowi na zastosowanie specyficznych przepisów i stawek VAT.